El Instituto Tecnológico Superior de Puerto Peñasco inicia actividades el 4 se septiembre del año 2000, con la apertura de dos programas educativos: Ingeniería Industrial y Licenciatura en Administración. En agosto de 2002 se incorpora la carrera de Ingeniería en Sistemas Computacionales y para el año 2009 se une la carrera de Ingeniería Civil.

El Instituto Tecnológico Superior de Puerto Peñasco obtuvo en el año 2008 la certificación de sus procesos administrativos bajo la Norma ISO 9001:2000, por parte del Organismo Certificador QSI, para el año 2010, se re-certificó en la Norma ISO 9001:2008 por la empresa Certificador American Registrar of Management Systems, actualmente la vigencia es hasta el día noviembre de 2019.

En el aspecto Académico, en el año 2014, se iniciaron los trabajos para acreditar los Programas de Licenciatura en Administración e Ingeniería en Sistemas Computacionales, lográndose la acreditación en primera instancia del Programa de Ingeniería en Sistemas Computacionales, el día 13 de enero del 2015, ante el CACEI, posteriormente se acredito el programa de la Licenciatura en Administración en el día 27 de marzo del 2015.